Kantor Kementerian Agama Kabupaten Natuna dibentuk berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor : 381 Tahun 2001 tanggal 23 Juli 2001. Sebelumnya Kantor Kementerian Agama Kabupaten Natuna berada di lingkungan Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Riau dan pada tahun 2005 sejalan dengan terbentuknya Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Kepulauan Riau, maka Kantor Kementerian Agama Kabupaten Natuna berada di lingkungan Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Kepulauan Riau.
Kantor Kementerian Agama Kabupaten Natuna mulai beroperasi melaksanakan tugas-tugasnya secara definitive setelah dilantiknya pejabat Eselon IV oleh Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Riau di Tanjungpinang.
Drs. H. Raja Asnan adalah pertama Kepala Departemen Agama Kabupaten Natuna yang dilantik.
Pada tahun 2001 sampai dengan akhir tahun 2008 berkantor di Jl. Pramuka milik Gedung Yayasan Darul Ulum Ranai.
Pada tanggal 17 Oktober 2008 Januari 2006 bertepatan dengan 17 Syawal 1529 H, Kantor Kementerian Agama Kabupaten Natuna yang dibangun secara bertahap tersebut dan diresmikan oleh Menteri Agama H. Muhammad M. Basyuni dengan alamat Jalan HR. Subrantas Kelurahan Batu Hitam Kecamatan Bunguran Timur.